1997年，印度尼西亚农业部发布了《基因工程生物技术产品部长令》。为实施这一部长令，1997年成立了生物安全委员会。委员会有一个技术小组，技术小组由来自国立研究机构和大学的植物生物技术专家组成。该技术小组制定了一系列有关转基因生物的技术指南，如转基因植物、微生物、鱼和家养牲畜的通用或专门指南。

　　为加强转基因产品的食品安全管理，1999年9月，农业部、林业和庄园作物（Estate Crop）部、卫生部、食品和园艺部对1997年发布的部长令进行了修订。2000年，发布了转基因食品安全指南。